総合博物館の所蔵する日本史資料は、文学部国史研究室のコレクションを引き継いだものです。国史研究室は、古典籍を文学部図書館に、古文書・古記録を文学部陳列館(後に文学部博物館となり、現在は総合博物館へ組織再編)に収蔵する方針をとっていましたが、同一のコレクションに古文書と古典籍の両方が含まれている場合は一括して文学部陳列館に収蔵しました。そのため、現在総合博物館が所蔵する古典籍は、ほとんどが公家文書の一部を構成するものです。