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兩峯問答秘鈔

因明入正理論疏瑞源記 八巻

因明論疏四相違略註釋 三巻

因明四種相違私記 三巻

悉曇藏 八巻

多羅要鈔 三巻

蕐嚴五教章指事 三巻

相應經秘決 五巻 朱校アリ

光明眞言經照闇鈔纂霊記 三巻

無量壽經鈔 七巻 首書本

當麻曼陀羅搜玄疏 七巻圖本一巻

小經直談要註記 八巻

阿彌陀經要解一心鈔 三巻

梵網經古迹記撮要 六巻

註論刪補鈔 十二巻

無量壽經論註記 五巻 首書本

浄土論註顕深義記 五巻

科註妙法蓮蕐經論 六巻

大乘對倶舍抄 十四巻

唯識二十論述記纂釋 六巻

五教章纂釋 上: 十五巻、中: 八巻(第一、二巻缺)、下: 十六巻(第六巻缺)

五教章聽書鈔 十巻

蕐嚴五教章衍秘鈔 五巻附科文

釋門作持領會集 五巻

心地教行決疑 六巻

天台名目類聚鈔 七巻

宗要柏原案立 六巻

台嶺眞珠集 十巻

天台圓宗四教五時名目 二巻

類雜集 十巻

大悲胎藏普通大漫荼羅中諸尊種子標幟形相聖位諸説不同記 八巻

別行次第秘記 第二至七巻 七巻 零本

厚草紙

秘藏金寶集 十帖

諸尊要鈔 十五帖

玄秘鈔 四帖

開心秘決 十巻

金剛界發惠鈔 三巻

薄草子口決 二十巻

行法肝要抄 七巻